1987年4月教育部同意私立元智工學院籌設，至1989年4月教育部同意元智工學院大學部自78學年度起立案招生，1997年8月1日正式升格。1998年及1999年更分獲遠見雜誌評選為「未來十年最具發展潛力大學」及「私校學術聲望排名」、「企圖心最強」、「進步最多」3項第1名大學。2003年獲得行政院第14屆「國家品質獎」，成為全國第1及唯一獲得品質最高殊榮之大學，2005年5月則獲選為教育部第1次推動教學卓越計畫之全國13所獎助大學之一。2005年10月躋身為教育部5年5百億「邁向頂尖大學計畫」12所頂尖大學之林，唯兩年努力後爭取計畫延續卻因政策因素失利，自2008年起改為重點補助學校，獎助燃料電池研究領域之發展。元智虛心檢討，並在創校邁入20週年之際提出「Vision 20」計畫，希望以重整、前瞻的精神，以20歲的豪情壯志，為下一個20年勾劃更美好的藍圖與前景。