本校為上海聖約翰大學、聖瑪利亞女校在台校友會與基督教台灣聖公會於民國54年共同籌辦創立。前兩所學校為聖公會於一百餘年前(民國前32年及前30年)在大陸設立之學校。本校創辦人為當時聖公會台灣區主教王長齡博士。第一任董事長為吳舜文博士，第二任為王長齡主教，王主教逝世後由葉公超博士代理，龐德明主教接任，第三任辜嚴倬雲博士(自61年迄今)。歷任校長為吳舜文博士、龐德明主教、夏雨人教授、葉基棟博士、張中平博士、楊敦和博士、陳金蓮博士(97年迄今)。本校於民國56年奉教育部核准立案為新埔工業專科學校，並首次招生；本校原擬以「聖約翰大學」或其工商學院名義申請在台復校，惟當時因教育部未開放設立大學，且為配合國家經濟發展及政府教育政策，乃改辦工業專科學校。82年奉准改名為新埔工商專科學校，88年改制為新埔技術學院，92年更名為聖約翰技術學院。94年升格改名為「聖約翰科技大學」，未來將朝以恢復「聖約翰大學」為本校努力爭取之最終目標。