本校之前身北洋軍醫學堂創立於民國前10年(1902年，清光緒28年)，迄今已有110年之歷史。抗戰勝利後，為建立軍醫教育中心制度，於民國36年6月合併軍醫學校及陸軍衛生勤務訓練所改組成立於上海江灣，命名為國防醫學院；民國38年，隨政府搬遷來臺，駐地為台北市水源校區，後因校區狹隘，發展受限，乃於民國72年計畫遷建於內湖，民國88年10月進駐現址。本學院創立於民國前10年，是我國歷史最悠久的軍醫學府，創立初期係因戰備需要；抗戰勝利後，為建立軍醫教育中心制度，於民國36年6月合併軍醫學校及陸軍衛生勤務訓練所改組成立於上海江灣，命名為國防醫學院；民國38年，隨政府搬遷來臺，駐地為台北市水源校區，後因校區狹隘，發展受限，乃於民國72年計畫遷建於內湖，民國88年10月進駐現址。各項重要發展沿革如下表： 年代（民國） 校址 校名 民國前10年 天津 北洋軍醫學校 民國7年 北京 陸軍軍醫學校 22年 南京 陸軍軍醫學校 27年 廣西桂林 軍醫學校 28年 貴州安順 軍醫學校 36年 上海江灣 國防醫學院 38年 台北市水源地 國防醫學院 72年 三軍總醫院編併成為本學院直屬教學醫院 88年 台北市內湖 國防醫學院 89年 改隸屬國防大學 國防大學國防醫學院 95年 恢復為獨立學院 國防醫學院